本院現正展開課程重構的諮詢工作，盼收集各持分者對課程重構的意見。
神學院的課程多年來也沒有太大改變。時移勢易，香港以至全世界在社會、文化、教會等都有重大的改變，神學院也需要因應時代的變遷而作出改變。
「課程重構」主要有兩方面，一方面是形式教育(Formal Education)；另一方面就是非形式教育(Non-formal Education)。前者著重合作、對話及整合；後者重視多向培育。
本院的課程設計重視信仰與社會之聯繫。為回應時代的轉變及延續崇基神學院之特色，本院於2019-20學年新開設「神學與香港社會」一科，讓同學述說他們的香港故事，從而反思社會與信仰的關係。
另一門課為「今日教會所面對之課題」，課程透過了解各地的基督教徒如何回應上主的使命，一方面開闊神學生對世界基督教的視野，培養普世合一的精神；另一方面，師生一同參與和見證上主和平與公義的使命。
「載體教學法」鼓勵學生用藝術來表達複雜的神學思想與生活實踐，開闊學生對自己、對他者和對上主的理解。
本院助理教授黃慧賢老師，在她的兩門課「性別與牧養」和「女性主義神學」當中，帶領同學對人生、教會傳統和社會/政治處境作神學反思。更將載體的、連繫自身的神學智慧，以藝術展覽形式與校園群體分享。
有別於傳統的神學教育偏重理論和知識傳遞，「載體教學」旨在透過連繫身體和生命經驗的學習反省，開闊同學的想像，同時也開放他們探索對上帝、對自己和他人生命的理解。
